Die Strecke von Berlin über Königsberg nach Eydtkuhnen war mit 742,33 km die längste durchgehend kilometrierte Strecke der preußischen Staatsbahn (bis 1920) und der Deutschen Reichsbahn (1939 - 1945). Von 1920 bis 1939 war diese Kilometrierung durch die dazwischen liegende Strecke im polnischen Korridor unterbrochen. Die Kilometrierung wurde im polnischen Korridor wohl mehr aus politischen Prestigegründen verändert. Ebenso ist die Zurücknahme der Veränderungen in der Zeit von 1939 bis 1945 unter diesem Gesichtspunkt zu sehen. Seit 1945 endet die von Berlin ausgehende Kilometrierung der Strecke an der Oder-Neiße-Grenze. Die PKP (Bahn in Polen) hatte nach 1945/46 die von Tczew (dt. Dirschau) ausgehende Kilometrierung der Strecke wieder eingeführt und auf die damals hinzu gekommenen Streckenabschnitte erweitert. Die Abschnitte im nördlichen Ostpreußen (Oblast Kaliningrad) erhielten nach 1945/46 eine Kilometrierung, deren Nullpunkt in Moskau liegt. Eine Besonderheit besitzt noch das Breitspurgleis von der russischen Grenze bei Braniewo (dt.: Braunsberg) bis Elbląg (dt.: Elbing). Es war ab Elbląg (dt.: Elbing) bis zur der russischen Grenze als separates Streckengleis (eigene Strecke) kilometriert.

Nach Beginn des 2. Weltkrieges und der Bestzung Polens durch die deutsche Wehrmacht wurde das Gebiet des Korridors im Herbst 1939 wieder an Deutschland angegliedert, um nach dessen Niederlage im Zweiten Weltkrieg 1945 zurück an Polen zu fallen, nunmehr unter anderem mitsamt dem südlichen Ostpreußen und Hinterpommern.

Mit Beginn des Feldzuges gegen Russland im Jahr 1942 ergaben sich im weiteren Verlauf in Richtung Wilna weitere Veränderungen, unter anderem wurden die Gleise auf Normalspur umgenagelt.

Seit 1945/46 endet die von Berlin ausgehende Kilometrierung der Strecke an der Oder-Neiße-Grenze. Die PKP hatte nach 1945/46 die von Tczew (dt. Dirschau) ausgehende Kilometrierung der Strecke wieder eingeführt und auf die damals hinzu gekommenden Streckenabschnitte erweitert. Die Abschnitte im nördlichen Ostpreußen erhielten nach 1946 eine Kilometrierung, deren Nullpunkt in Moskau liegt. Eine Besonderheit besitzt noch das Breitspurgleis von der russischen Grenze bei Braniewo (dt.: Braunsberg) bis Elbląg (dt.: Elbing). Es war ab Elbląg (dt.: Elbing) bis zur der russischen Grenze als separates Streckengleis (eigene Strecke) kilometriert.

Die kurze Strecke von Kaliningrad (Калининград, dt.: Königsberg) ins litauische Virbalis ist der einzige Teil der ehemaligen Preußischen Ostbahn, der auch heute noch eine wichtige Hauptverbindung ist. Sie hat eine zentrale Bedeutung als Transitstrecke ins russische Kernland. Grenzbahnhof nach Litauen ist nun Nesterow (Нестеров, dt.: Ebenrode bzw. vormals Stallupönen), nachdem der ehemalige Bahnhof Eydtkuhnen vollständig demontiert und die dazugehörigen Gebäude abgerissen wurden. Der Streckenabschnitt vom polnischen Braniewo (dt.: Braunsberg) über den russischen Grenzbahnhof Mamonowo (Мамоново, dt.: Heiligenbeil) bis kurz vor Kaliningrad besitzt je ein Streckengleis in breiterer russischer und in schmalerer westeuropäischer Spurweite. Während das Breitspurgleis auf der traditionellen Streckenführung von Westen her den Kaliningrader Südbahnhof (ehemals Königsberg Hbf) erreicht, wird das Normalspurgleis südlich um die Stadt herumgeleitet und erreicht heute den Bahnhof von Osten her.